O fim de 2013 foi apenas o começo dos problemas que seriam vividos pela Associação Portuguesa de Desportos. Desde então, a equipe acumula uma série de rebaixamentos, dívidas, possível leilão do Canindé e até morte de jogador. O último registro trágico da história da Lusa envolve o jovem Lucas Jesus dos Santos, garoto das categorias de base do time paulista, que foi encontrado mortodentro da piscina do clube.
Lucão, como era conhecido, era menor de idade e atuava na equipe sub-17 da Portuguesa, que comemorava em uma festa no clube a classificação à próxima fase do Campeonato Paulista da categoria. O jogador teria participado da celebração com jogadores e comissão técnica, passado mal e caído na piscina. A Polícia Civil informou que encontrou latas de cerveja no local. Na manhã desta quinta, o atleta foi encontrado morto.
O Campeonato Brasileiro 2013 foi o começo dos problemas na vida da Portuguesa. Depois de uma campanha irregular na competição nacional, a equipe paulista conseguiu se salvar do rebaixamento às duras penas. No entanto, o pior ainda estava por vir.
Por conta da escalação irregular do meia Héverton, que estava suspenso e mesmo assim entrou em campo, a Portuguesa foi punida com a perda de quatro pontos (três de punição e um do empate conquistado no duelo contra o Grêmio). A equipe Rubro-Verde despencou da 12ª para a 17ª posição na tabela do Brasileirão e acabou rebaixada. O jogador estaria impedido de atuar pelo terceiro cartão amarelo.
A principal dúvida levantada neste caso foi o porquê este erro cometido de forma tão infantil. No entanto, o que foi especulado é que o clube paulista tenha “vendido” a sua vaga em troca de alguns milhares. A partir desse momento, a Portuguesa entraria em seu processo de crise sem fim.
O ano de 2014 seria um novo martírio. Apesar de começar a temporada sonhando com o retorno à Primeira Divisão, a Portuguesa ficou bem longe do esperado na Segundona, terminando o torneio na última colocação, com apenas quatro vitórias e 25 pontos em 38 jogos, decretando o seu rebaixamento para a Série C do Campeonato Brasileiro.
A disputa da Terceira Divisão em 2015 parecia ser o fundo do poço para o clube paulista. Mesmo assim, o time brigou e até ficou próxima de sacramentar a sua volta à Série B, se classificando para a fase final do torneio. Porém, nas quartas de final, quando todos acreditavam que enfim a Lusa começaria a sua saga de volta à elite do futebol nacional, o time sucumbiu diante do Vila Nova, perdendo o acesso diante de seu torcedor, em jogo disputado no Canindé.
Em 2016, seria a vez da Portuguesa tentar novamente iniciar a sua caminhada de volta ao topo. O fim, entretanto, foi o pior possível para o lusitano. Com uma péssima campanha, obtendo apenas 14 pontos em 18 jogos, a Lusa chegou a ser derrotada até para o Guaratinguetá, equipe que conquistou somente essa vitória na disputa da Série C.
O próximo capítulo do clube será em 2017, na disputa da Série D. No pior dos cenários, a Portuguesa pode não conseguir a sua classificação e ficar sem disputar divisão alguma no ano seguinte. O sistema que garante vagas para a Série D é realizado pelos campeonatos estaduais e, atualmente, seria muito difícil para a Lusa conseguir a sua classificação. O motivo? A Portuguesa não está nem na Primeira Divisão do Campeonato Paulista. O time foi rebaixado para a Série A2 em 2012, em um possível prenúncio do que estaria por vir e que foi sacramentado com o ‘Caso Héverton’.